Sporazumom o partnerstvu između partnera Znanstvenog centra izvrsnosti za virusnu imunologiju i cjepiva detaljno su definirani uloge i odgovornost svih sudionika u projektu, upravljačka struktura centra, način međusobnog komuniciranja, financijski menadžment kao i odnosi s javnošću.
Koordinator aktivnosti Znanstvenog centra izvrsnosti, akademik Stipan Jonjić, bit će osoba za kontakt s ugovornim tijelom, odgovoran za strateške odluke, kontrolu usklađenosti rada na projektu s uvjetima navedenim u ugovoru i sporazumu te će biti odgovoran za organizaciju i koordinaciju ljudskih, materijalnih i financijskih resursa. Dr. sc. Halassy i prof. dr. sc. Markotić koordinirat će aktivnosti koje će se provoditi u njihovim institucijama i periodično izvještavati koordinacijski tim o napredovanju poslova i/ili problemima. Prof. dr. sc. Brizić i prof. dr. sc. Wensveen koordinirat će aktivnosti vezane uz eksperimentalni rad na animalnim modelima što uključuje i sudjelovanje u ishodovanju dozvola etičkih povjerenstava. Prof. dr. sc. Krmpotić i dr. sc. Halassy koordinirat će sve aktivnosti vezane uz osposobljavanje mladih istraživača, radionice i tečajeve.
Savjetodavni odbor se sastoji od vodećih stručnjaka iz područja koji su zainteresirani za korištenje tehnologija koje razvijaju članovi ovog Centra izvrsnosti. To su prof. dr. sc. Ulrich Kalinke (TWINCORE -Center for Experimental and Clinical Infection Research, Hannover), prof. dr. sc. Sabina Rabatić (Imunološki zavod, Zagreb) i prof. dr. sc. Martin Messerle (Hannover Medical Scool). Ovaj odbor ima savjetodavnu ulogu te će savjetovati koordinacijski tim po pitanjima znanstvenih i edukacijskih aktivnosti.
Tim za administrativne, financijske i pravne poslove Centra biti će zadužen za financijske i pravne aspekte projekta. Tim je zadužen za administraciju projekta, za neometanu i pravovremenu komunikaciju s drugim stručnim službama te za izradu periodičnih i završnih izvještaja. Administrativni tim također će pomoći u organizaciji radionica te će voditi administrativni i financijski dio aktivnosti diseminacije istraživačkog tima (npr. pomoć u organizaciji prijevoza i smještaja u vezi konferencija, izobrazba i mobilnost istraživača, financijska sredstva za publikacije itd.), te će pružati potporu istraživačkom timu u prijavu projektnih prijedloga za dodatna financiranja. Administrativni tim sastoji se od četiri članova: Cristina Paulović, univ. spec. oec., Antonija Šarlija, mag. oec., Irena Čeple Nikolić, dipl. oec. i Antonija Radić, univ. mag. oec.
Koordinatoru će u znanstvenom, edukacijskom i financijskom vođenju projekta pomoći prof. dr. sc. Brizić, prof. dr. sc. Lenac Roviš i Cristina Paulović, univ. spec. oec, stručnjakinja za menadžment znanstvenih projekata koja je već sudjelovala u pripremi, implementaciji, menadžmentu i/ili pripremi izvještaja više od 60 projekata, koji su bili evaluirani i/ili financirani od različitih domaćih, EU i međunarodnih agencija i programa koji financiraju znanstvene projekte, uključujući, Nacionalni Institut za Zdravlje USA (NIH), Njemačku zakladu za znanost (DFG) i Hrvatsku zakladu za znanost.
